Durante sus primeros tres años, la Corte Suprema de Justicia de la Nación contó con un solo secretario, tal como lo establecía su reglamento original. Rafael Pereyra desempeñó esa función en los meses de octubre y noviembre de 1863, cuando fue designado en su lugar el correntino José Miguel Guastavino, quien -entre otros hitos- tuviera a su cargo la edición de los primeros tomos de la colección de fallos completos, que comenzó a publicarse en 1865. 

Guastavino venía de ser reemplazante del juez federal de Buenos Aires, Alejandro Heredia, cuando este solicitó licencia por enfermedad, y permaneció en la Corte hasta 1868, año en que resultó electo gobernador de su provincia (llegaría, también, a presidir posteriormente el Superior Tribunal de Corrientes). Para entonces, ya no estaba solo como secretario: desde septiembre de 1866 lo acompañaba en esa función Antonio Tarnassi, quien continuaría en el cargo hasta jubilarse en 1892. 

A Guastavino lo sustituyó Nemesio Rojo, abogado oriundo de San Juan, entre cuyos pergaminos sobresale el hecho de haber colaborado con Vélez Sarsfield en la elaboración del Código Civil. Rojo fue secretario de Corte hasta su fallecimiento, a fines de 1893. En tanto, la posición de Tarnassi la ocupó José A. Frías. Permanecería hasta 1903, cuando renunció para dedicarse a la política y al ejercicio de la abogacía. 

Otros secretarios del período inicial fueron Eduardo Zavalía, José Domínguez, Adolfo Olivares y Federico Ibarguren (hijo). Domínguez y Frías dirigieron los dos tomos iniciales de los “Índices de los fallos de la Corte Suprema”, en 1897.